高町奈葉（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年級學生某日在上學的路上她同來自異世界米德其路達的尤諾（水橋香織 配音）相遇了尤諾告訴奈葉她正在尋找遺落人間的太古遺產“圣石之種”這種珍貴的寶物蘊藏著巨大的能量如果棄之不顧有可能在人間界造成巨大的破壞接二連三的波折之后奈葉成為了幫助尤諾回收種子的魔法少女開始了一段充滿了危險和刺激的奇幻旅程 　　某日一位名叫菲特（水樹奈奈 配音）的金發(fā)少女出現在了奈葉的面前她和奈葉一樣同為回收種子的魔法少女也就是說她們的關系是競爭者奈葉能夠打敗這樣一位強勁的對手嗎對于菲特來說溫柔而又努力的奈葉又是一種怎樣的存在呢